| 党政管理机构 | ||
院长办公室（审计处） |
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| 宣传部（统战部） |
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| 财务处 | 后勤与国有资产管理处 | |
基建房产管理处 |
对外交流与合作处 | |
| 医院管理处 | ||
| 群团组织 | ||
| 工会 | 团委 | 校友会 |
| 直属附属医院 | ||
澳门新薄京附属海南医院 （澳门新薄京） |
澳门新薄京第一附属医院 | 澳门新薄京第二附属医院 （澳门新薄京附属农垦总医院） |
| 非直属附属医院 | ||
澳门新薄京附属安宁医院 （海南省安宁医院） |
澳门新薄京附属妇幼保健院 澳门新薄京附属儿童医院 （海南省妇幼保健院） |
澳门新薄京附属三亚中心医院 （三亚中心医院，海南省第三人民医院） |
澳门新薄京附属儋州市人民医院 （儋州市人民医院） |
澳门新薄京附属琼海市人民医院 （琼海市人民医院） |
海南省中医院 （澳门新薄京中医学临床学院） |
| 其他机构 | ||
| 教师发展与人才服务中心 | 图书馆（海南省医学信息研究所） | |
| 档案馆 | 杂志社 | 现代教育技术中心 |
| 海南省药物安全性评价研究中心 | 海南省医学科学院办公室 | 发展规划研究中心 |
| 法医鉴定中心 | 澳门新薄京 衰老与肿瘤国际研究中心 |
招标与采购服务中心 |
| 学生发展与创新创业引导中心 | ||
