| 党政管理机构 | ||
（离退休工作部） |
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| 统战部 | 党委宣传部 | |
| 招生与就业引导处 | 计划财务处 | |
| 国有资产管理处 | 基建房产管理处 （后勤管理处） |
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| 群团组织 | ||
| 工会 | 团委 | 校友办 |
| 直属附属医院 | ||
澳门新薄京附属海南医院 （澳门新薄京） |
澳门新薄京第一附属医院 | 澳门新薄京第二附属医院 （澳门新薄京附属农垦总医院） |
澳门新薄京附属肿瘤医院 （海南省肿瘤医院） |
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| 非直属附属医院 | ||
澳门新薄京附属安宁医院 （海南省安宁医院） |
澳门新薄京附属妇幼保健院 澳门新薄京附属儿童医院 （海南省妇幼保健院） |
澳门新薄京附属三亚中心医院 （三亚中心医院，海南省第三人民医院） |
澳门新薄京附属儋州市人民医院 （儋州市人民医院） |
澳门新薄京附属琼海市人民医院 （琼海市人民医院） |
海南省中医院 （澳门新薄京中医学临床学院） |
| 其他机构 | ||
| 医学教育研究所 | 教师教学发展中心 | 图书馆（海南省医学信息研究所） |
| 档案馆 | 杂志社 | 现代教育技术中心 |
| 海南省药物安全性评价研究中心 | 澳门新薄京红十字会 | 海南省医学科学院办公室 |
| 法医鉴定中心 | ||
